Traqueofitas con semillasLas plantas con semillas existían cerca del final del período Carbonífero; de acuerdo con el registro fósil algunas de las plantas semejantes a helechos e inclusive algunos licopodios tenían estructuras semejantes a semillas. Los dos grupos modernos principales de plantas, son ambos plantas provistas de semillas: las gimnospermas, que tienen semillas desnudas, y las angiospermas (de la palabra griega angio que significa "vaso" (literalmente semilla en un vaso), que tienen semillas protegidas.
La semilla
La semilla es una estructura protectora por medio de la cual la planta embrionaria puede dispersarse y permanecer latente hasta que las condiciones se tornen favorables para su supervivencia. Una semilla incluye el embrión (el esporófito latente, joven), una reserva de tejido nutritivo y una cubierta protectora externa. Esta cubierta que deriva de tejidos del esporófito materno, protege al embrión mientras éste permanece latente, a veces durante muchos años, hasta que las condiciones sean favorables para su germinación. 
Figura - Semilla. La semilla tiene tres partes principales: el embrión, formado por células que darán lugar a las estructuras de la planta adulta (raíz, yemas, tallos, hojas). Los cotiledones, uno en las monocotiledóneas y dos en las dicotiledóneas, son órganos de absorción que toman nutrientes de las reservas de la semilla. En las monocotiledóneas, este tejido se llama endospermo. En las dicotiledóneas, los cotiledones actúan como tejido de almacenamiento. La testa es una capa externa que protege las anteriores estructuras y evita la pérdida de agua. En el embrión de las gimnospermas con frecuencia existen varios cotiledones.
Gimnospermas
Las gimnospermas son plantas vasculares y productoras de semillas. Se las llama así debido a que las semillas de estas plantas no se forman en un ovario cerrado (esto es, un pistilo con uno o más carpelos que evolucionan a un fruto, como ocurre en las angiospermas), sino que están desnudas en las escamas de los conos. La adquisición evolutiva más importante de las gimnospermas con respecto a las pteridofitas es la presencia de semillas, estructuras que contienen y protegen el embrión. Por lo general, son árboles leñosos, de hojas perennes, con tejidos de conducción formados por traqueidas, que son vasos de conducción. Los representantes típicos son los pinos, cedros, abetos. El tallo es robusto, leñoso y muy desarrollado. Consta de una eje central del que se desprenden ramas laterales más largas en la parte inferior, y que disminuyen hacia el ápice, lo que le da un aspecto piramidal. Sus hojas, de color verde intenso, son delgadas, y por lo general, aciculares (en forma de aguja), con una sola nervadura. Se ubican en pequeñas ramas cortas, y presentan cutícula gruesa que las protege de la pérdida de agua. Actualmente se distribuyen en regiones templadas y frías y pueden alcanzar grandes dimensiones o bien presentar un aspecto semejante a los helechos o palmeras, como las Cycas. Muchas gimnospermas tienen sexos separados, es decir, son plantas dioicas, femeninas o masculinas; otras son monoicas, portadoras en un mismo pie de ambos sexos.
Ciclo Reproductivo en Gimnospermas 
Todas las gimnospermas son heterosporas y producen dos tipos diferentes de esporas en dos tipos diferentes de esporangios. Las esporas que originan los gametofitos masculinos se conocen como microsporas y se forman en estructuras conocidas como microsporangios. Las esporas a partir de las cuales se desarrollan los gametofitos femeninos, se conocen como macrosporas y se forman en los megasporangios. Un megasporangio origina por meiosis a una macrospora, y está rodeada por una o dos capas de tejido, el tegumento. La estructura completa (el megasporangio, su tegumento protector y su contenidos) se conoce como óvulo.
Todas las gimnospermas son heterosporas y producen dos tipos diferentes de esporas en dos tipos diferentes de esporangios. Las esporas que originan los gametofitos masculinos se conocen como microsporas y se forman en estructuras conocidas como microsporangios. Las esporas a partir de las cuales se desarrollan los gametofitos femeninos, se conocen como macrosporas y se forman en los megasporangios. Un megasporangio origina por meiosis a una macrospora, y está rodeada por una o dos capas de tejido, el tegumento. La estructura completa (el megasporangio, su tegumento protector y su contenidos) se conoce como óvulo. 
Durante el período Pérmico las gimnospermas se diversificaron. Cuatro grupos de gimnospermas tienen representantes vivos: 3 divisiones pequeñas (Cycadophyta, Ginkgophyta y Gnetophyta) y una división grande y familiar (Coniferophyta). Las coníferas ("portadoras de conos") incluyen los pinos, abetos, araucarias, cipreses, cedros, tsugas del Canadá, cipreses, juníperos y las secuoyas gigantes de California y Oregon. 
Angiospermas
Las Angiospermas constituyen un grupo muy numeroso de plantas. Viven en casi todos los ambientes bajo diferentes condiciones climáticas y su origen se remonta a más de 100 millones de años, durante el período Cretácico de la era Mesozoica. Presentan un aspecto muy variado en cuanto a su forma, tamaño y estructura, pero lo que las caracteriza es la presencia de flores verdaderas con óvulos encerrados en una cavidad: el ovario, y semillas protegidas dentro del fruto. El surgimiento de las angiospermas se produjo junto al de los insectos polinizadores, como mariposas, avispas y abejas; relación que se mantiene hasta nuestros días.
Monocotiledóneas y Dicotiledóneas
Las angiospermas se dividen en dos grandes grupos: monocotiledóneas (embrión formado por un solo cotiledón) y las dicotiledóneas (embrión con dos cotiledones) Las semillas de las monocotiledóneas presentan diferencias con respecto a las dicotiledóneas, el embrión tiene radícula y el talluelo protegidos por membranas denominadas coleorriza y coleoptile, respectivamente, y un solo cotiledón. Las dicotiledóneas poseen dos cotiledones, dos masas carnosas que contienen sustancias de reserva que el embrión utiliza durante su crecimiento.
